El término municipal tiene una superficie total de 151 km² y limita al Norte con los de La Guardia y Corral de Almaguer; al Sur, con el de Villacañas; al Este, con Corral de Almaguer, y al Oeste, con los de El Romeral y Tembleque.

 Su término municipal presenta en su fisiografía un relieve perfectamente llano, con la sola excepción del cerro de San Antón (818 m). En los límites del término: la sierra del Corral o del Gollino y la de Villacañas o del Coscojo. Hacia el Noroeste, dos valles que recorren los arroyos de Santa María y de Cedrón.

Próximo a nosotros corre el río Riánsares (río de patos), que pertenece a la cuenca hidrográfica del Guadiana.

De trece lagunas que existían en el siglo XVII, sólo perviven hoy: la del Hongar, las del Altillo (Grande y Chica) y la de la Albardiosa, algo más alejada de la población. Son de tipo endorreico, muy salinas, de origen tectónico y estaciónales. Son de titularidad pública, propiedad del Ayuntamiento. Han sido recientemente declaradas Refugio de fauna, preservando así algunas especies de aves catalogadas como amenazadas en la actualidad.

La flora más característica está representada, además del álamo, encina, olmo, chaparro y retama, por el salicor y esparto. En las lagunas del Altillo recientemente se ha descubierto la Althenia filiformis Petit, poco conocida en la península. También en las lagunas se desarrolla abundante "maleza de agua o Ruppia marítima subsp. Drepanensis, de hojas filiformes que flotan en las aguas. La progresiva disminución de sal desde la cubeta hacia el exterior hace que aparezca una vegetación escalonada, cuyas principales especies pertenecen a los géneros Ruppia, Salicornia, Suaeda, Sarcacornia, Tamarix y Lygeum.

La fauna terrestre está representada por el conejo y la liebre y algún que otro, aunque escasos, zorro. Las aves más típicas son la perdiz roja, codorniz, tórtola, torcazo y paloma.

Menos conocida es la que, de paso por Lillo, descansa o anida en las lagunas (anátidas, fochas y somormujos), siendo frecuentes por estos lares: el ánade real, pato cuchara, porrón común, cerceta común, zampullín cuellinegro, focha común, aguilucho lagunero, cigüeñuela y avoceta. Quien visite las lagunas de Lillo en primavera puede quedar maravillado por la abundante presencia de las distinguidas y frágiles cigüeñuelas: tienen la cabeza, cuello, bajo dorso, partes inferiores y cola de color blanco; las alas y el alto dorso, negro, y un largo pico afilado.

Todo el término municipal, a excepción de cerros, barrancos y caminos, naturalmente, está cultivado. La superficie del término está dividida en 51 polígonos catastrales, a su vez, éstos lo están en parcelas numeradas para su identificación.

Cereales y vid son los cultivos que por excelencia se dan en estos parajes; en menor intensidad, el olivar y las leguminosas. Un cultivo nos ha identificado a lo largo de la historia: las zanahorias. Eran conocidas hasta en Madrid. A nuestro paisano D. Venancio González, ministro de la Gobernación, lo caricaturizaba la prensa política de la época montado en un burro con un manojo de zanahorias en la mano, llamándole el ... de Lillo. Aunque destinada para el consumo de los animales, en época de crisis suplía la escasez de alimentos para los humanos.